wget –mirror –w 3 –p –P c:\wget_files\example2 ftp://username:password@ftp.yourdomain.com
Это - то, как я делаю это на машине на базе Windows http://www.devarticles.com/c/a/Web-Services/Website-Mirroring-With-wget/1/
Можно изменить путь к структуре каталогов, попытаться загрузить все содержание через FTP и видеть, помогает ли это.
Я также использую другую утилиту на работах Windows "AllwaySync" великолепно.
A) Напишите небольшую веб-форму и небольшой сценарий, который создаст группу и каталог для проекта.
B) Напишите небольшой командный файл Windows, который будет делать то же самое по ssh. Вы можете использовать ssh-клиент из проекта cygwin или какой-нибудь собственный ssh-клиент для Windows.