Решением было другое. Мы перезапустили сервер, используя:
ft_min_word_len=3
(извините за то, что не упомянул об этом в вопросе)
Из этого документа на MySql мы узнали, что:
Если вы используете myisamchk для выполнения операции, которая изменяет индексы таблиц (например, восстановить или проанализировать) индексы FULLTEXT перестраиваются с использованием значений параметров полнотекстового поиска по умолчанию для минимальной и максимальной длины слова и файла стоп-слов, если вы не укажете иное. Это может привести к сбою запросов.
Это было решение:
shell> myisamchk --recover --ft_min_word_len=3 table_search.MYI
Теперь сервер работает нормально почти 24 часа.
Звучит так, будто ваша таблица повреждена и ее невозможно восстановить с помощью myisamchk.
Думаю, вам лучше состоит в том, чтобы восстановить таблицу из резервной копии или, если затронут только ваш поисковый индекс, воссоздать и заново заполнить эту таблицу.