fstab монтируются после сетевой инициализации

Это помогло бы видеть часть Вашего кода/вывода. Вот мое предположение в первопричине Вашей проблемы.

Во-первых, сигнал 13 приравнивается к SIGPIPE, который в этом случае кажется, указывает, что процесс жемчуга пытается записать в канал (т.е. STDOUT/STDERR), но ничто не там для чтения его.

Я протестировал немного, и мой вопрос, Вы обрабатываете вывод от сценарий в рамках Вашей программы C? В моих тестах, просто обрабатывая вывод сценария жемчуга избежал ошибки SIGPIPE.

Сигнал 13 произвел:

fp = popen("/home/chuckx/perl-test/perl.pl","r");
status = pclose(fp);

Сигнал 13 избежал:

fp = popen("/home/chuckx/perl-test/perl.pl","r");

do {} while (fgets(output,80,fp) != NULL);

status = pclose(fp);