Вы пытаетесь использовать относительное отличительное имя (RDN), не CN. Относительное отличительное имя уникально в OU (это - относительный путь), но может не быть уникальным в домене. Необходимо использовать отличительное имя (DN), которое однозначно и уникально в домене.
Параметр -i Autoreconf должен генерировать недостающие файлы автоинструмента с использованием значений по умолчанию библиотеки.