время крона не корректно, или крон работает с задержкой

Вы не должны должны быть повторно индексировать MySQL кроме случаев повреждения от катастрофического отказа или внезапного выключения питания. Если у Вас есть проблемы блокировки, можно хотеть изучить преобразовывание таблиц MyISAM (или по крайней мере таблиц с самыми большими проблемами конкуренции за блокировку) к InnoDB. Требуется немного больше RAM, но это поддерживает блокировку уровня строки вместо просто блокировки уровня таблицы (среди многих других улучшений).

Вы также захотите преуспеть и выполнить "шоу полный processlist"; удостоверяться, что это не что-то сознательно явно блокировка таблицы, как своего рода резервное копирование.