Возможно симметричное поле Windows/Ubuntu двойной загрузки?
Обычно этот вид ошибки является результатом несоответствия записи NS. Например, Вам перечислили ns1/ns2.somedomain.com как серверы DNS с регистратором, но фактические списки файлов зоны DNS ns1/ns2/ns3.otherdomain.net в записях NS. Обновление NS записывает в файле зоны DNS в поставщике услуг DNS для соответствия тому, что Вы используете в регистраторе (или наоборот) будет обычно исправлять эти виды проблем.
Я настоятельно рекомендую заняться чем-нибудь с VMWare или другим гипервизором. Зачем вам перезагружать машину и рисковать проблемами со сменой оборудования, совместимостью и т. Д.? Если у вас нет особых требований к серверу, которые нельзя виртуализировать, использование гипервизора сделает работу ОС одновременно более надежной и менее хлопотной.