Проверьте, чтобы видеть, что Ваши Основные и Вторичные серверы DNS ответственны за те же зоны.
У меня была эта проблема дома, где я принял решение иметь сервер Win2008R2 DNS и мой Дешевый домашний маршрутизатор как вторичный DNS.
Поскольку Основной сервер DNS Win2008R2 был авторитетным для нескольких дополнительных зон, он вызвал много горя.
Для тестирования просто удалите вторичный сервер DNS!
Готов поспорить, что права доступа к файлам могут быть сохранены, если вы использовали что-то вроде RSYNC или что-то подобное, у которого есть функции прав доступа к файлам во время копирования ...