Сквид прозрачный прокси для исходящего трафика только
Просто используйте Centos встроенные iptables механизмы, они лучше разработаны, что с помощью сценария, он сбрасывает правила, модули загрузок, проверяет синтаксис и т.д.
Я бы не стал утруждать себя настройкой прозрачного прокси. Вместо этого просто запустите Squid на 127.0.0.1:3128, а затем используйте материал Net :: HTTP :: Proxy для вызовов API. Документация здесь. Я не рекомендую прокачивать все через прокси-сервер для запуска, но перемещайте определенные вызовы, пока вы не освоитесь с настройкой.
Что касается размера вашего кеша Squid, если вы выделите кеш 128 МБ, Squid будет использовать примерно 196 МБ всего включая кеш и накладные расходы. Если вы думаете, что собираетесь приблизиться к максимальному объему памяти машины, я бы установил некоторый мониторинг пространства подкачки, который обычно является вашим лучшим индикатором того, что вы превысили объем памяти.