Вы можете посмотреть на файловую систему, например DRBD, которая автоматически синхронизирует смонтированный том по сети, что-то вроде сетевого зеркального набора RAID. В зависимости от ваших конкретных потребностей вам, возможно, придется настроить его как кластер с тактовым импульсом, чтобы избежать ситуаций с разделением мозга, но это может быть лучшим способом настроить двунаправленную синхронизацию для независимых систем.
В противном случае вы могли бы разработать какую-либо форму сценария RSync, но вы можете столкнуться с условиями гонки или странными аномалиями доступа к файлам.
Последний вариант, о котором я знаю, - это иметь файловый сервер в бэкэнде, который монтируют оба веб-сервера, поэтому на самом деле есть одно файловое хранилище или какое-либо другое решение для сервера общего хранения с использованием Fibre Channel или iscsi.
Да, rsync справится с этим (запускается на обоих концах с флагом -u) или просто использует unison. Однако для процесса управляемого развертывания копирование файлов должно выполняться только в одном направлении.
Еще лучше использовать распределенную кластерную файловую систему, такую как AFS