Я не думаю, что вы можете отключить наследование конфигурации от корня как таковое, но файл web.configs в корне суб-приложений может перезаписать или очистить большинство настроек, сделанных в корневой файл web.config.
Для appSettings, connectionStrings и других множественных дочерних узлов вы можете использовать
<clear />
<remove ... />
для настроек единственного вхождения, просто установите новое значение.
Я не думаю, что вы можете перезаписать или удалить ' configSections », но это не должно быть проблемой.