То, где лучшее расположение для приложения, сделало ​​ в NodeJS на сервере?

На самом деле не имеет значения, где вы разместили свой Node.js, а больше важно, как вы это место настроите. Правильные разрешения являются наиболее важными.

Возможные местоположения (с логической точки зрения):

/opt/<appname>
/usr/local/share/<appname>
/var/nodejs/<appname>