Я услышал много хороших вещей о продуктах Zyxel, но никогда не пробовал их.
Я почти уверен, что вы могли бы сделать это с помощью ACL, если вы работаете в Linux (setfacl / getfacl), но, безусловно, самый простой и менее подверженный ошибкам способ - просто иметь 2 отдельных полные установки Glassfish, а затем настройка доменов на этих двух установках так, чтобы они не конфликтовали с точки зрения портов.