ACLs значения по умолчанию папки не наследовался, когда новый файл создается

Доменные машины будут только использовать серверы DNS Вашего домена, если Вы не настроили их иначе с групповой политикой. Сгруппируйте компьютеры в различном OU's согласно любой политике, которую Вы имеете. Затем создайте объекты групповой политики для каждого OU, который явно устанавливает настройки DNS. Можно найти их здесь:

Administrative Templates\Network\DNS Client

Но как упомянутый joeqwerty, это не собирается мешать технически опытным людям добраться, куда они должны пойти.