Папки "Standard" в корневом каталоге пользователя имеют записи управления доступом то удаление блока. Можно использовать chmod -N очистить их ACLs перед удалением...
Проблема заключалась в том, что samba передала задание PAM, а в файле /etc/ldap.conf я забыл заполнить bind user и bind pw. Итак, PAM привязан к LDAP как анонимный и не имеет прав на чтение этих атрибутов.