nagios изменяют команду проверки на основе периода времени
Нет никакого способа сделать точно, что Вы хотите. Nginx не записан с массовым хостингом в памяти, а скорее записан для сайтов интенсивного трафика.
Надлежащий способ обработать это с Nginx не состоит в том, чтобы иметь всеобъемлющего блока сервера, а скорее иметь блок сервера для каждого субдомена. Создание их вручную очевидно утомительно настолько пишущий сценарий, который генерирует их, настоятельно рекомендован и не слишком сложный.
Вы можете написать собственный сценарий, который берет указание периода времени и две команды проверки и запускает соответствующую команду. Возможно, вам придется реализовать проверку временного периода самостоятельно, но это не должно быть слишком сложно.
Вы также можете написать две отдельные служебные проверки с неперекрывающимся временем уведомления (так, чтобы вы получали предупреждения от одного или другого, но не оба).