Загрузите mysqltuner.pl и выполните его против Вашего сервера базы данных:
http://blog.mysqltuner.com/download/
Что-то звучит ужасно неправильным оптимизированным.
Скорее всего, вы забыли использовать опцию http-server-close в вашей конфигурации haproxy. Раньше это было нормально, потому что ваши внутренние серверы не включали поддержку активности по умолчанию.