Если об/мин должен изменить файл конфигурации, обычно он обновляется сценарием, а не общедоступной заменой. Для главных пакетов как Apache, PHP и MySQL они очень осторожны относительно этого. Безопасно применить обновления.
Извините, ребята. У меня здесь был какой-то DNS-F * ckup, после удаления моего локального кеша DNS все снова работало нормально. В любом случае спасибо за помощь.