То, что Вам нужен перекрестный кабель для подключения 2 компьютеров с Gigabit Ethernet. Вы не делаете! Патч добивается цели!
Нет, вещи не исчезают из \InetPub без чего-то действовавшего на них. Я подозреваю, что кто-то удалил их, или возможно что-то произошло в Вашем IDE CF, который поджег их. Согласуйте со своим администратором, чтобы видеть, знают ли они о некотором действии, быть этим ручное удаление или некоторый автоматизированный процесс, что у них есть контроль папки.