Существует ли веб-сервер для Windows Mobile 6, которая может динамично генерировать страницы и хранить данные?

Ваш вопрос конкретно указывает на желание их на адрес электронной почты Вам. Действительно нет никакого надежного решения, если это - требование. Электронная почта не создается для перемещения больших блоков данных!

Вы могли включить FTP (или SFTP) сервер на веб-сервере. При использовании IIS, это просто. Можно установить пользователей для клиентов и включить веб-загрузку файлов.