Проверить
ServerName и ServerAlias
директивы в Вашей конфигурации. Мое предположение - то, что ServerName содержит IP-адрес и неканонические URL, т.е. htp://domain.com/dirname переписываются к htp://1.2.3.4/dirname, который мог бы быть тем, что вызывает Ваш переписывать.
URL достаточно испортил все дело вследствие того, что я, может казаться, не выясняю, как выключить разметку.