Lost+Found - то, куда FSCK собирается внести биты файлов, которые он смог восстановить, если Ваша файловая система повреждена. Если каталог в настоящее время пуст, Вы в безопасности просто удалить его.
FSCK (я верю), воссоздаст его, если это будет иметь что-нибудь, что должно быть помещено там.
Не уверенный, почему присутствие того каталога проблематично для Вас, хотя?