Безусловно самым популярным бесплатным пакетом DNS там является BIND от ISC. Так как это использует плоские файлы, которых Вы хотите избежать, можно смотреть на все свободные инструменты GUI для управления сервером DNS BIND.
Похоже, ваш код выполняет какое-то перенаправление или переписывание некоторого вида на относительный URL-адрес, который не включает порт.