Выбор блока на консоли Linux?

Можно ли попытаться соединиться с машиной Windows с ssh -v ? Подробная трассировка может указать на что-то. Ищите именно строки, которые говорят Authentications that can continue и Next authentication method. Это укажет, делает ли клиент даже попытку использования метод аутентификации с открытым ключом.

Кроме того, в sshd_config на Windows Server удостоверьтесь опция PubkeyAuthentication установлен на да (я не знаю, какова настройка по умолчанию может быть.