Бит предположения здесь - я помню назад много лет - но возможно, что существует файл в Вашем корневом каталоге (один из скрытых .something), который содержит Ваш пароль, независимый от Вашей фактической установки MySQL. MySQL знает для использования этого в отсутствие указанного.
Попытка:
cd
grep <your-password> *
grep <your-password> .*
и посмотрите, существует ли такой файл. Раз так можно удалить его (целый файл или просто значение пароля, в зависимости от того, что еще там!)
Править: добавленный 2-й grep, * один не возьмет.* файлы (по крайней мере, не на UNIX, я примерил его!)
This is a common issue when moving to EC2. Your options are one of the following:
S3
Use a clustered filesystem such a Gluster.
EDIT 20160705
AWS now offers Elastic File System (EFS) in a number of regions. EFS is a hosted NFS service, effectively giving you a NAS as a Service.