Какие-либо хорошие подходы к тому, как остановить это?
Удостоверьтесь, что Ваш сервер является защищенным, и они оставят Вас в покое.
используйте dos2unix - он преобразует ваш файл в синтаксис новой строки unix
dos2unix
Да, используйте dos2unix. Обратите внимание, что ^ M - это возврат каретки, также обозначаемый как \ r . Другой способ удалить их:
^ M
\ r
sed -i 's/\r$//' file ...