Просто настройте /etc/sudoers
соответственно так, чтобы только авторизованные пользователи могут работать apt-get
.
Проблема в вашем кэше яиц python, он пытается писать в корневой каталог. Добавьте в свой сценарий следующее:
export PYTHON_EGG_CACHE=/var/tmp