Чтобы получить текущие настраиваемые заголовки:
cscript adsutil.vbs GET W3SVC \ HttpCustomHeaders
и очистить их все:
cscript adsutil.vbs SET W3SVC \ HttpCustomHeaders ""
Очевидно, вы можете сделать это на уровне сайта, вставив идентификатор сайта: W3SVC \ 123 \ HttpCustomHeaders