У меня была аналогичная проблема с Hyperic 4.1.1. После более чем двухлетней работы мы начали наблюдать высокую загрузку процессора.
Мы изолировали проблему от агента. В нашем случае мы использовали агент со встроенным jre.
Мы установили v6 build 35 jre и установили HQ_JAVA_HOME:
(Примечание: не устанавливайте эту переменную в каталог java bin. Скорее установите его на базовый каталог jre6, в Windows это обычно: c: \ program files \ java \ jre6)
Мы перезапустили агент, и мир на земле!