Системный журнал монитора (RFC 5426) на Windows Server 2008

Используя suPHP или suEXEC (+ fcgi/cgi) хорошее решение для обеспечения Вашего сервера (разделите приложения).

Но сделать это, у Вас должен быть другой vhost для каждого из тех приложений, скажем, для напр.: app1.domain.com, app2.domain.com, app3.domain.com. Если Ваша структура сайта будет похожа на это выше, то не будет проблемы для установки 3 виртуальных хостов, с помощью 3 различных пользователей/групп для обслуживания php (с упомянутыми методами - suexec, suphp).