Определите проблему: L2/3 или Использование L7 проверяют с помощью ping-запросов когда сетевая проблема
Используйте анализатор пакетов tcpdump, может помочь Вам найти проблему
Используйте систему контроля nagios/zabbix, поможет определить частоту проблем
Считайте журнал, они часто содержат полезную информацию
Я нашел источник проблемы. Оказалось, что это было вызвано правилом VirtualBox, которое отменяло мое собственное правило.