У меня была та же проблема прежде. Я не смог увеличить число дескрипторов файлов фунта стерлингов.
В дополнение к тому, что Вы сделали, я настроил сквид с помощью следующего, настраивают опции:
./configure --prefix=/usr/local/squid --enable-start-stop-daemon --with-filedescriptors=65536 --enable-storeio=ufs,aufs --with-aufs-threads=10
Важная часть для случая:
--with-filedescriptors=65536
После выполнения этого и перезапуска сквида, я получил максимальное значение дескрипторов файлов: 65536.
Конечно, это требует, чтобы сквид был установлен из источника не от команды:
apt-get install squid