Я предложил бы проверить время по hwclock для наблюдения то, что аппаратные часы VM думают, что время. Обратите внимание, что Вы никогда не должны выполнять ntp под VM, поскольку они не основывают свой дрейф на реальных физических часах, так может по-царски испортить во всех видах противных путей. Пока физический хост выполняет NTP хорошо затем, часы в VM's будут столь же точными.
Просто используйте свою команду в обратном направлении с вашего резервного сервера:
rsync -avz user@targetmachine1:/home /path/to/targetmachine1
и с адаптированными путями для большего чем одна машина.