С APC необходимо использовать mod_php или PHP-FPM иначе, новый кэш APC создается для каждого процесса, и запросы не могут быть поданы от того же процесса.
Вы видите этот эффект путем загрузки apc.php (статистика APC от пакета APC) и видите, как местоположение кэша изменяется по каждому запросу.
С APC я склонен использовать mod_php на полях Apache и PHP-FPM на nginx полях. Если кто-либо знает о каких-либо других методах, сообщенных мне. Нет никаких планов относительно APC для фиксации, потому что он хорошо работает под PHP-FPM.
Проблема была с версией Mysql.
Я использовал mysql версии 5.5, и Hyperic почему-то не поддерживал ее.
Я пробовал установку с Mysql версии 5.1, и это сработало как шарм.
Надеюсь, этот пост поможет кому-то, кто пытается найти решение этой проблемы.