Я использую VPN для этого. Файловый сервер выполняет poptop. Машины Windows соединяются с ним через созданный в клиенте VPN. Samba для совместного использования папки, и вуаля.
Используйте WINS для именования для дополнительного кредита, таким образом, машинам Windows не нужны ярлыки на вещи как \192.168.0.x\sharename на рабочем столе.
Вот хорошее напоминание:
(источник: joshhighland.com)