Я не rkhunter эксперт anymeans, но их некоторые вещи, которые я хотел бы знать. Вы устанавливали rkhunter на новой установке с известными хорошими пакетами? Я полагаю, что Вы, как предполагается, устанавливаете в новой системе, затем выполненной,
rkhunter --propupd
таким образом, это может создать свою базу данных известных хороших файлов. Затем, когда Вы работаете после этого, это знает, что сравнить его также. Я также выполнил бы rkhunter теперь с '-report-warnings-only' флаг. Вы были бы лучше обслужены, отправив журналы от rkhunter, pastebin их, если они действительно длинны. Я также проверил бы, что все мои пакеты хороши, это будет очень, в зависимости от какого дистрибутива Вы работаете. У Вас есть причина искать руткиты?
Я только что видел похожий вопрос: Насколько надежна XFS? В случае отключения питания является ли xfs более рискованным, чем ext3, с точки зрения повреждения / защиты данных?
Я не знаю, изменилось ли что-то, но, похоже, я буду придерживаться ext3.