Понимание Apache файл Virtualhosts
Согласно странице справочника, -l отметьте к rsync:
-l, --links copy symlinks as symlinks
должен сделать то, что Вы хотите.
Из документации Apache :
Если совпадение ServerName или ServerAlias не найдено в наборе виртуальных хостов, содержащих наиболее конкретную совпадающую комбинацию IP-адреса и порта, то первый виртуальный хост в списке, который соответствует который будет использоваться.
Это означает, что если вы укажете в своем браузере http://10.0.0.1/ (и не предоставите иным образом заголовок Host: ), то запросы будут обслуживаться виртуальным хостом для TheSmiths.name , поскольку это первый VirtualHost , указанный в конфигурации.
Обычно Apache попадает на сайт по умолчанию, кроме виртуальных хостов. Но если ваш сайт по умолчанию не включен, то да, он будет обслуживать первый найденный VirtualHost .
Поскольку NameVirtualHosts управляются именем, это означает, что Apache будет соответствовать запрошенному имени хоста с ServerName , чтобы попасть на правильный сайт.