В зависимости от количества файлов или размера файлов, я видел подобные вещи в прошлом.
Во время резервного копирования/копии более чем 4 миллионов файлов pdf мы нашли, что хеши MD5 на некоторых файлах НЕ были тем же!
То, что работало на нас, было rsync.
Одна вещь я предложил бы Вас, пробует, к rsync законченные файлы, и посмотрите, испытываете ли Вы все еще потерю данных.
Надеюсь, это поможет.
Для ответа на последующий вопрос при создании пары ключей SSH без пароля, затем Вы не должны были бы вводить пароль для подключения серверов.
Вы добавили бы pubkey в .authorized_keys согласно этому абзацу:
Ключевые пределы доступа
Поскольку дополнительный шаг для ограничения использования открытого ключа для доступа к любым серверам, от оператора может использоваться перед записями с открытым ключом в ~/.ssh/authorized_keys файл на серверах для ограничения, откуда клиентской системе разрешают получить доступ к серверу. Без от предела, любая клиентская система с соответствующими данными с закрытым ключом сможет соединиться с сервером отовсюду. Если пара ключей должна только работать, когда клиентская система соединяется от хоста в соответствии с example.org, установленным от = "*.example.org" перед данными с открытым ключом.
server$ cat ~/.ssh/authorized_keys from="*.example.org" ssh-rsa AAAAB3NzaC1…
В "от" Вас поместил бы Ваш локальный интерфейсный IP-адрес (IP-адреса). Используя это плюс комбинация использования ssh ключа без пароля (то, которое не является лучшими практиками, но для большинства систем, будет хорошо работать), выполнит то, что Вы ищете.