Лучше, чтобы Вы настроили SquirrelMail путем запущения conf.pl скрипта в каталоге конфигурации. Проблемой, с которой Вы имеете дело, является результат неправильных полномочий. И каталог данных и каталог вложения должны быть перезаписываемы пользователем, которого выполняет веб-сервер. Если Вы не знаете, какой пользователь это - (www, www-данные или что-то еще) это chmod их к 1777.
Это сделано специально. Вы не можете использовать API резервного копирования / восстановления без надлежащего лицензирования. Вы можете использовать что-то вроде GhettoVCB, но для реального производственного использования вам следует лицензировать ESXi.