Лицензии отличаются от GPL (Linux) к BSD (*BSD варианты) некоторому другому (безотносительно лицензий Солярис, HP-UX и т.д. использует),
Ядро отличается.
Системные библиотеки отличаются; дистрибутивы Linux имеют тенденцию использовать пространство пользователя GNU, BSD, Солярис имеет их собственное. По-моему, например, FreeBSD чувствует намного больше как готовое изделие с более всесторонней и актуальной документацией и системными инструментами, записанными для него, тогда как дистрибутивы Linux больше похожи на загадку, где каждая часть выбирается из другого источника. Linux хорошо работает и является хорошей системой, все же.:-)
Управление пакетом отличается, но это может быть сказано между дистрибутивами Linux, также.
Кроме этого они - в значительной степени то же. Apache, MySQL и все другие стандартное программное обеспечение могут быть выполнены на всех них.
Да, если и только имена файлов уникальны, и вы заранее знаете список каталогов:
rsync -v -dm -lptgo a/ b/ b/c/ d
(Косые черты после имен каталогов важны.)