Необходимо обновить до rsync 3.0.x, где Вы извлечете пользу из возрастающих списков файлов, объясненных здесь. Я - rsyncing миллионы изображений (~200GB общее количество) и видел огромное ускорение при движении от rsync 2.x к 3.x.
Несмотря на это, будет, вероятно, требоваться много времени для прохождения через всех тех данных. В моем случае это все еще принимает час между двумя довольно мощными серверами DL380 G5.
Без дополнительной информации сложно дать полный ответ. Можете ли вы опубликовать полный ntp.conf для сломанного сервера? И опубликовать список смещения, показывающий рост с течением времени?
Я не уверен, почему вы выбрали обе удаленные машины как предпочтительные?
Есть несколько вещей, которые вы можете сделать, чтобы улучшить настройку:
Для начала вам следует удалить запись ЛОКАЛЬНЫХ опорных часов:
server 127.127.1.0 minpoll 4
fudge 127.127.1.0 stratum 10
Затем вы должны удалить записи пакетов и изменить их на iburst. См. ntp docs о пакетной передаче для получения дополнительной информации.
Наконец, вам действительно нужно иметь три источника. Человек с одними часами знает, который час, а человек с двумя часами никогда не знает точно. Добавив третий сервер, ваши клиенты смогут разорвать связь, если два сервера не согласятся по времени.