iptables блокирует nginx от того, чтобы быть обратным прокси для node.js

Нет смысла использовать чрезвычайно строгие правила для интерфейса обратной связи. Все это будет сделано для того, чтобы ваши местные службы не разговаривали друг с другом странным образом, что у вас возникнут проблемы с диагностикой (вот почему вы здесь). Просто откажитесь от этого:

iptables -A INPUT -i lo -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -o lo -j ACCEPT