Основное отличие состоит в том, что Endpoint Protection 20102 интегрирован в Configuration Manager 2012 - это больше не отдельная часть. При развертывании Endpoint Protection 2012 из Configuration Manager будут удалены существующие антивирусные решения, включая предыдущие версии Forefront. См. Здесь:
О настройках клиента в Configuration Manager
Я предполагаю, что вам потребуется воссоздать управляемые настройки Endpoint Protection, но я не уверен (ранее мы использовали McAfee).