крон не следует, колотят инструкции сценария для отправки почты условно

Почему Вы не пытаетесь переименовать файлы. Переименуйте оба файла, добавьте некоторый префикс и попробуйте еще раз. Это может избавиться от любого дефектного redirect/inode беспорядка (возможно).

Удостоверьтесь, что ни одно из кэширования не включено. Проверьте свои модули в Apache и разгрузите любой модуль кэширования. Удостоверьтесь, что расширение APC в PHP не загружается (phpinfo)

Попытайтесь использовать svn checkout вместо svn export. Начните тестировать и когда Вы замечаете, что ошибочное поведение делает svn stat видеть, изменилось ли что-нибудь. Технически не должно быть никакого различия между checkout и export за исключением того, что checkout более полезно, поскольку это позволяет на месте обновления. Но с checkout Вы хотите иметь что-то как следующее в Вашей конфигурации vhost.

<LocationMatch "\.svn.*">
 Order deny,allow
 Deny from all
</LocationMatch>

Наконец, что не менее важно, запустите с новой конфигурации HTTP. Резервная конфигурация и переустанавливает Ваши пакеты Apache/PHP. Это должно генерировать конфигурацию по умолчанию. Затем добавьте, что простая конфигурация изменяется, чтобы смочь служить файлам PHP. После того как Вы видите, что оба файла без проблемы начинают тестировать на Вашу проблему. Затем постепенно начинайте добавлять части конфигурации от своей сохраненной конфигурации, пока она не начнет перестать работать. Последняя часть, которую Вы добавили, - то, что вызывает ее.