Вы запускаете базу данных с большим количеством журналов практически на самых медленных дисках. Причина, по которой вы видите jdb2 на таких высоких iowaits, заключается в том, что ему трудно поддерживать запись журналов ext4 на диск
. Либо замените диски на что-то, что может не отставать (на ум приходят SSD, хотя обычные диски SAS с батарейный кеш будет работать) и / или начать настройку. Существует множество документации, когда дело доходит до настройки файловой системы в средах SQL.
Хорошая отправная точка здесь: http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.0 / ru / disk-issues.html
У меня возникла эта проблема после обновления до MySQL 5.7.
Установка «sync_binlog = 0» устранила ее. MySQL изменил значение по умолчанию с 0 на 1 в 5.7.