На основе описание до сих пор это - то, что я предполагаю, что Вы имеете: Windows OS. 2 платы RAID с одним диском на каждой карте.
Скорее всего, проблема находится в BIOS, это установлено считать первый RAID-контроллер. Любой необходимо переместить диск в другой контроллер (только если они - та же карта), или изменение, от которого плата RAID используется для начальной загрузки.
Попробуйте заставить строку подключения использовать TCP / IP и нужный порт:
tcp:servernameorIP\instanceName,1433
Ссылки:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system .data.sqlclient.sqlconnection.connectionstring.aspx