Если приложение будет скомпилировано для требования повышения затем, то оно будет всегда запрашивать.
Мешать вещам предложить Вам должно было бы изменить настройки UAC.
Я изучал вашу проблему, и похоже, что есть проблема с вашей версией Ubuntu. Точнее говоря, о том, как работают предварительная подготовка и Network Manager. Похоже, что многие люди использовали пакет iptables-persistent для успешного восстановления правил при запуске с Ubuntu 12.04.
После установки iptables-persistent вас спросят, если вы хочу сохранить ваши текущие правила или создать новый набор правил.