Нет, S3 не выставляется через интерфейс FTP.
То, что можно сделать, использовать S3FS для монтирования файловой системы в экземпляре EC2. Если бы Вы конкретно хотели FTP по некоторым причинам затем, то Вы могли бы настроить свой FTP-сервер с корнем каталога S3FS, монтируются.