Renik уже дал Вам ответ, но не забывайте добавлять некоторые укрепляющиеся настройки для отключения перенаправления портов.
Как это:
command="/usr/bin/ssh user1@remote1",no-port-forwarding,no-user-rc ssh-rsa ... user@host
Вероятно, это вызвано тем, что списки контроля доступа не позволяют процессу IIS получить доступ к файлу конфигурации. Убедитесь, что учетная запись, под которой работает пул приложений, имеет доступ для чтения ко всему в папке, содержащей веб-сайт.