strace является Вашим другом в этом экземпляре. Найдите идентификатор процесса своего mysql затем выполненным:
strace -efile -f -o /tmp/mysql.log -p $pid
В другом окне делают что-то, что вызывает ошибку. Можно затем нажать ctrl-c для уничтожения strace. Если Вы смотрите в /tmp/mysql.log, необходимо видеть то, что вызвало проблему.
Как в стороне, я действительно рекомендую не полагаться на копирование двоичных файлов данных. Дампы SQL намного более надежны и гибки. Кроме того, казалось бы, что Вы используете MyISAM. Я действительно рекомендовал бы против использования их, если Вы не заботитесь о данных в них. InnoDB имеет столько преимуществ перед MyISAM.
Быстрый Google сообщения об ошибке взял меня на этот сайт здесь, который, кажется, имеет ту же проблему, как Вы описываете. Их решение помогает Вам?
Они только делают восстановление системы как часть из того, что они описывают, вытягивает файл от другого местоположения и копирует его в корректное местоположение на erroring ПК.