Вы неправильно истолковали поле TIME +. Это не то, сколько времени это "работало за", который является показателем используемого процессорного времени. Проверьте эту статью Wikipedia для специфических особенностей: http://en.wikipedia.org/wiki/CPU_time
Я решил проблему, выследив причину SIGKILL и устранив ее. Теперь я получаю 0 предупреждений SIGKILL в день. Я буду считать этот уровень нормальным. См. этот вопрос для получения более подробной информации.
Другие люди сообщали о подобной проблеме с зависанием и невозможностью уничтожения процессов FCGID в других системах, таких как Wordpress и Sympa.
Предлагаемое исправление заключалось в добавлении опции
FcgidMaxRequestLen 1000000000
в Конфигурация Apache (по умолчанию для этого параметра 131072). Мне не удалось убедиться, что это устраняет проблему, но есть неофициальные данные, подтверждающие, что это так.